急速な経済の国際化は、世界の港湾の激しい競争をもたらしました。
国際港湾としてこの競争に打ち勝つため、東京港では国際水準のふ頭や高度な物流機能、道路網の整備が進められました。

大井コンテナふ頭の再整備事業は、コンテナ船の大型化や輸送システムの変化、輸入貨物の増大など、コンテナ輸送を取り巻く新たな情勢変化に対応するものでした。
また、阪神淡路大震災の教訓を踏まえ、震災時においても国際物流機能を確保し、首都圏の経済活動を維持するため、新4、5、6号は耐震強化岸壁として整備しました。

国際貿易港の主要な指標である外貿コンテナ取扱個数では、1998年(平成10)以降、国内港湾で第1位となりました。
開港60周年の記念キャンペーンを展開し、各種記念行事の総動員数は、延べ約206万7,000人に達しました。

東京港の物流機能の沖合展開や臨海副都心をはじめとする臨海地域の開発に合わせ、交通基盤の整備も進められました。
東京港臨海道路は航路を横断し沖合の埋立地を結ぶことにより、臨海部の交通需要に対応する道路として整備され、まず臨海トンネルを含むⅠ期事業区間（大田区城南島～中央防波堤地区）が開通しました。

2003年(平成15)に新5号、2004年(平成16)に新1号が供用を開始し、大井コンテナふ頭再整備事業は完了しました。
この再整備は、稼働中のターミナル機能を阻害することのないように、常時6バースを確保し順次整備を進めるなど、既存ターミナルを供用しながら大規模かつ効率的な高規格コンテナターミナルを短期間に整備する一大事業であり、東京港の国際競争力の強化に大きく貢献しました。

開港70周年の記念事業では、東京港のPRや臨海副都心のにぎわい創出のほか、3月に発生した東日本大震災の復興支援を目的として「東京港フォトコンテスト」や「Port of Tokyoフェスティバル」などの各種事業を展開しました。

隅田川や荒川などの河口に位置する東京港では、土砂が堆積しやすいため、戦前から直営しゅんせつを行ってきました。
以前はしゅんせつ船や土運船、押船などの複数の船で作業をしていましたが、東京港内の船舶の大型化や増加に伴い、より安全で効率的に行うために、自ら航行し、1隻だけでしゅんせつ作業が行える「海竜」が竣工しました。

東京ゲートブリッジを含む東京港臨海道路Ⅱ期事業区間（中央防波堤地区〜江東区若洲）が開通しました。
これにより、大田区城南島と江東区若洲との間を結ぶ東京港臨海道路の全区間が開通しました。

2013年(平成25)9月8日（日本時間）、アルゼンチン・ブエノスアイレスで開催されたIOC（国際オリンピック委員会）総会で、2020年オリンピック・パラリンピック競技大会の開催都市が東京に決定しました。
その後、臨海部には14の競技会場と選手村、IBC・MPCの設置が決定されました。

中央防波堤外側に新たなコンテナターミナルが完成しました。
長さ230m、水深11m面積12.9ヘクタールで、16列対応のガントリークレーンが3基据え付けられました。